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全長宏基因組
 全長宏基因組測序是提取特定環境(土壤、水體、腸道等)中微生物菌落總的DNA,使用Nanopore測序技術得到這些DNA的完整序列,通過生物信息分析研究環境微生物的物種分布、群落結構及基因功能和代謝網絡的技術。可識別更多耐藥基因、多重耐藥基因,可組裝得到一些細菌的完成圖。


全長宏基因組的優勢
超長讀長:N50可達3-10Kb,最長read達100Kb以上,可跨越長復雜區域。[1]
功能挖掘準確:差異基因分析更準確,毒力因子分析更全面。
準確挖掘抗性基因:挖掘更多抗生素抗性基因、多重耐藥基因。[1]
獲得基因組完成圖:binning后組裝獲得物種、菌株基因組和質粒基因組。
修飾信息保留:可同時檢測6mA, 5mC等堿基修飾信息。



圖a:Illumina Contig柱高代表通過Illumina平臺測序得到的數據組裝之后Contig的長度,Nanopore Min及Nanopore Max分別代表通過Nanopore平臺測序得到的reads長度的最小值及最大值;圖b:Nanopore與Illumina兩個平臺測序數據經過分析得到的抗生素抗性基因數。
 
研究領域 樣品類型
人類健康 糞便、腸道內容物、牙菌斑、陰道分泌物、體液(唾液、灌洗液、腦脊液)
土壤環境 農田、林地、草原
水體環境 污水、河流、湖泊、海洋
極端環境 凍土、鹽湖、冰川、火山
其他環境 植物體表、空氣、生物反應器、模擬菌群
 
[1] Che Y , Xia Y , Liu L , et al. Mobile antibiotic resistome in wastewater treatment plants revealed by Nanopore metagenomic sequencing[J]. Microbiome, 2019, 7(1).

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