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基于Nanopore測序的真菌基因組組裝,是采用多種拼接軟件和方法尋找最優基因組組裝策略,構建高質基因組contig序列,兩輪Racon糾錯后,用二代數據進行兩輪Pilon糾錯,得到近染色體水平的真菌基因組準完成圖。
Sample Genome length Contigs N50 Min Max
M01 35,285,615 8 4,119,573 3,221,876 7,819,315
M02 8,965,027 8 1,300,838 41,678 1,515,373
M03 39,061,637 8 5,956,987 39,572 6,694,482
M04 37,800,384 9 5,335,048 39,069 7,000,358
M05 33,306,468 10 4,615,082 57,351 9,442,567
M06 51,186,472 15 5,967,548 59,860 7,014,649

實測案例
注:M01、M02組裝出的染色體條數與前人報導、核型分析一致,已達到完成圖級別。

真菌基因組準完成圖的優勢
能跨越高重復區域和高復雜區域,解決了高重復、高雜合基因組的組裝難題。
基因組組裝指標實現從Kb到Mb的跨越,得到近染色體水平的準完成圖。
可以直接檢測到甲基化修飾信息,對于表觀遺傳學的研究有重要意義。


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Recent Asian origin of chytrid fungi causing global amphibian declines[J]. ence, 2018, 360(6389):621.
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Cui C , Herlihy J H , Bombarely A , et al. Draft Assembly of Phytophthora capsici from Long-Read Sequencing Uncovers Complexity[J]. Molecular Plant-Microbe Interactions, 2019, 32(12).
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