1 沙門氏菌的reads隨著感染時間延長增加，表明細胞內病原體的復制過程。在沙門氏菌reads中，sRNA和anti-RNA約占8%，而人的非編碼RNA約占0.1%（miRNA，約22bp）到15%（lncRNA，大于200bp）。差異表達蛋白與已報道的芯片分析結果一致。
2 在細菌內化后，與侵染相關的基因（SPI-1）表達減弱，而細菌內化后與存活相關基因（SPI-2）的表達增強。在被感染的宿主細胞中，NF-κB免疫相關的基因表達顯著增加。
3 對分析細胞內沙門氏菌sRNA變化進行分析，獲得了14個known和189個沙門氏菌candidate的sRNA，其中有些在感染后2h顯著增加10倍以上。sRNA的表達變化為沙門氏菌在宿主細胞內的變化提供了見解，RyhB和IsrE在鐵不足或MicA/L、RybB和OmrA/B在細菌表面壓力情況下被激活，與之前的報道一致。此外，細菌內化后，SPI-1表達減弱和SPI-2增強是共表達調控sRNA（InvR和DapZ受抑制，而MgrR被激活）的表現。
4 感染后最活躍的sRNA，pinT在感染過程中增加了近100倍。同樣，在dual RNA-seq實驗的其他13個宿主細胞類型中，PinT的表達也顯著上調。pinT是80bp長的sRNA，來源于一個編碼RtsA的沙門氏菌特異位點，是一個入侵相關基因的助激活劑。經過多重驗證，最終證實，在細菌內化過程中，pinT是一種正調控入侵的sRNA。